Proses terbentuknya IPP dimulai sejak 1993 dengan didirikannya Forum Silaturahmi Komunikasi Pelajar Persis (FSK), yang kemudian berkembang melalui beberapa tahap, seperti pembentukan Nizham Asasi RG-UG pada tahun 1996 dan wacana pendirian IPP pada Silaturahmi Nasional (Silatnas) I di 2005. Proses ini semakin menguat pada 2008 dengan pembentukan Majelis Presidium IPP yang diisi oleh ketua-ketua RG-UG se-Indonesia, hingga akhirnya mencapai puncaknya dengan Kongres I Pelajar Persis pada 22-23 September 2010 di Garut yang dihadiri oleh para santri dan pelajar dari seluruh Indonesia.

Setelah deklarasi pada 23 September 2010, IPP secara resmi menjadi bagian dari organisasi otonom Persis pada Muktamar XVI Persis di Soreang pada 2022. Dalam perjalanan kepemimpinan, IPP telah mengalami beberapa periode kepemimpinan, dimulai dengan Andi M. Nurdin dari Pesantren Persis Pajagalan (2010-2013), diikuti oleh Husna Hisaba Khalid (2013-2015), Biri Rachman (2015-2017), Arman Nurhakim Maulana (2017-2019), Rifqi Rifyal Rizaldi (2020-2023), dan kini dipimpin oleh Ferdiansyah dari Pesantren Persis 182 Rajapolah (2024-2026).